Prestasi

Perserikatan

    1979 Divisi II DIY
    1980 Divisi II DIY peringkat ke-2
    1983 Divisi II DIY Peringkat ke-1
    1985 Divisi II DIY Peringkat ke-1
    1986 Divisi II DIY Peringkat ke-1
    1986/1987 Divisi II DIY Peringkat ke-1
    1987/1988 Divisi II DIY Peringkat ke-1
    1989/1990 Divisi II DIY Peringkat ke-1
    1990/1991 Divisi IIA Jateng DIY Peringkat ke-6
    1991/1992 Divisi II DIY Peringkat ke-1
    1993/1994 Divisi II Nasional Delapan Besar (Juara Divisi II DIY)
Liga Indonesia

    1994/1995 Divisi Dua Liga Indonesia 16 Besar Nasional
    1995/1996 Divisi Dua Liga Indonesia Promosi ke Divisi Satu Liga Indonesia (Playoff Divisi Satu Liga   Indonesia)
    1996/1997 Divisi Satu Liga Indonesia 10 besar (Peringkat ke-3 Grup A)
    1997/1998 Divisi Satu Liga Indonesia - Kompetisi dihentikan
    1998/1999 Divisi Satu Liga Indonesia Peringkat ke-4 Grup II
    1999/2000 Divisi Satu Liga Indonesia Promosi ke Divisi Utama (Peringkat ke-2)
    2001 Divisi Utama Peringkat ke-10 Grup Timur
    2002 Divisi Utama Peringkat ke-7 Grup Timur
    2003 Divisi Utama Peringkat ke-4
    2004 Divisi Utama Peringkat ke-4
    2005 Divisi Utama Peringkat ke-7 Wilayah I
    2006 Divisi Utama - PSS tidak melanjutkan kompetisi karena adanya bencana gempa bumi di Yogyakarta dan sekitarnya
    2007 Divisi Utama Peringkat ke-12 Wilayah Barat
    2008/2009 Divisi Utama Peringkat ke-8 Wilayah Timur
    2009/2010 Divisi Utama Peringkat ke-10 Grup 3
    2010/2011 Divisi Utama Peringkat ke-10 Grup 3
    2011/2012 Divisi Utama Peringkat ke-7 Grup 2
    2013 Divisi Utama Juara

Piala Indonesia

    2005 Semifinalis
    2006 PSS tidak jadi berkompetisi karena adanya bencana gempa bumi di Yogyakarta dan sekitarnya
    2007 32 Besar
    2008/2009 52 Besar
    2012 40 Besar

Piala Soeratin

    2001 Peringkat ke-3
    2002 Peringkat ke-4
    2008 32 Besar